פורטוגל בגלל מיקומם במרכז האוקיינוס האטלנטי, האיים האזוריים נבחרים על ידי סוגים רבים של ציפורים כמקום עצירה ומנוחה בנדידה, כמו גם לרבייה.
במסגרת טיול לאיים האזוריים אל האי סאו מיגל חשוב להזכיר את קיומה של אדמונית האיים האזוריים (Pyrrhula Murina) מין מקומי שבעבר היה קרוב להכחדה. גם בימינו הוא עדיין נחשב בסכנה, עם אוכלוסייה של 500 עד 800 זוגות. מין זה מאכלס את אזור Nordeste ו-Povoação, על ההרים. האיום הגדול ביותר עליו הוא הרס של בית הגידול הטבעי שלו על ידי נוכחות והתקדמות של מינים אקזוטיים שונים של צמחים, כמו מריפוסה לבנה.
במסגרת טיול לאיים האזוריים אפשר למצוא גם סוגים אחרים של ציפורים כמו יסעורים, נחליאלי זנבתן אזורי, יונת צוק, רובין אירופאי, ועוד. ציפור הטרף היחידה באיים היא עקב חורף.
בעולם החי, אין באיים נחשים או בעלי חיים מסוכנים, אבל יש קיפודים, חולדות, חמוסים וארנבות בר. העטלף של האיים האזוריים הוא היונק המקומי (אנדמי) היחיד שניתן למצוא ביבשה. קאו-דה-פילה דה סאו מיגל (כלב טיפוסי של האי סאו מיגל) הוא גזע של כלב שמירה מוכר ופרות הן חלק ממאפייני הנוף של האיים, ומספקות פרנסה למשפחות רבות.
בים הסובב את האיים האזוריים יש כמה מינים של לוויתנים, ביניהם לווייתן זרע, לווייתני בקבוק (בקבוקף) ודולפינים; וכמה מיני כרישים מתועדים, החל מכריש הפיגם בעל השדרה ועד כריש הלוויתן.
כמו כן, ניתן למצוא דג נדן כסף, דג נדן שחור, טונה, צלופח אירופאי, מורנה ים תיכונית ומקרל כחול. באזורי החוף קיימים תמנונים, קיפודי ים, כוכבי ים, צדפות וזיפרגליים (barnacles). בנחלים ובאגמים נפוץ מאוד למצוא כמה מינים של טרוטה, דג, קרפיונים וזאב נהרות.
יער לוריסילבה, שריד של מה שנותר מהצמחייה המתוארכת לתקופה השלישונית שנעלמה ביבשת אירופה כמעט עקב קרחון, נמצא בנקודות מבודדות בכל האיים, העדויות המשמעותיות ביותר של יער זה נמצאות במישור המרכזי (האי פיקו), סרה דה סנטה ברברה (האי טרסיירה) ונורדסטה (האי סאו מיגל).
בין המינים האנדמיים נמצאים אוכמניות אזורים, הולי אנגלי, לורל אזורי, אריקה אזוריקה, ארז וכו'. כמו כן הוכנסו לאי כמה מינים עם פרחים שנותנים קסם יפה במהלך האביב, כמו אזליאות וקמליות. בצידי הדרכים אפשר למצוא גם את שושן הג'ינג'ר (מריפוסה לבנה), צמח פולש שבאוגוסט נותן פרח צהוב יפהפה.
אחרון חביב, קריפטומריה יפנית ושיטה, שהובאו לאיים במאה התשע עשרה למטרת אספקת עץ לנגרות והצליחו בהם מאוד, מגיעים היום לגובה של 70 מטרים ולרוחב של 4 מטרים.
אחד מבתי הגידול הייחודיים של האיים האזוריים הוא השדות ההידרותרמיים העמוקים התומכים בקהילות ייחודיות, בעלות עושר רב ברמת מערכות אקולוגיות ונדירות. לשדות הידרותרמיים אלה יש הרכב וצפיפות של מינים אנדמיים כגון חיידקים כימו-אוטוטרופיים, צדפות ענק, תולעי פולצ'אט, שרימפס וכמה חסרי חוליות ובעלי חוליות כמו צלעות, סרטנים ועוד.
פארק טרה נוסטרה (בפורטוגזית: Parque Terra Nostra) הוא גן בוטני באזור פורנאס הידוע באי סאו מיגל. ראשיתו של הגן בשנת 1780, כאשר קונסול ארצות הברית דאז באי בנה כאן ב-1775 את מעון הקיץ שלו. רק באמצע המאה ה-19 הורחב האתר לגודל אטרקטיבי, נוצרו גינות מים ונטיעות עם שבילים וערוגות פרחים, ובית הקונסול הוסב למלון. ב-1872, בוצע שחזור של התעלה הקיימת, נבנו מערות ושדרות עץ תאשור, ועצים יובאו מצפון אמריקה, אוסטרליה, ניו זילנד, סין ודרום אפריקה.
הפארק מחולק לשני אזורים: האזור העליון, המכיל שבילים להולכי רגל דרך היער הצפוף, והאזור התחתון בין נחל אמרלה לאגם סרפנטינה, שבו המבקרים יכולים לשוטט בין שבילי הליכה, מדשאות, בריכות ומזרקות. מאפיינים עיקריים כוללים את הגנים הנושאיים של עצי דקל Cycas, צמחים אנדמיים, קמליות ושרכים, ואת שדרות עצי הדקל והגינקו. המינים העיקריים הם אלון, צפצפה שחורה, ארזים אדומים יפניים, ארוקריות, אזליאות ורודודנדרונים.
אחת האטרקציות העיקריות בפארק היא בריכה עם מים תרמיים עשירים בברזל בטמפרטורה של סביב 37° שנבנתה בשנת 1780 והורחבה בשנת 1935. הבריכה כוללת גילופי אבן והיא מוקפת בטבעת של עצי אראוקריה. הרחצה מותרת, אך מצריכה מקלחת ארוכה לאחר מכן.
יש האומרים שגידול גפנים הובא לאיים בראשית המאה ה-15 על ידי המלך הפורטוגלי הנרי הנווט, שהביא לכאן גפנים מכרתים או מקפריסין. אחרים אומרים כי נזירים פרנציסקנים הכניסו גידול גפנים ממדיירה ופורטוגל היבשתית. לא משנה מי באמת הביא את הגפנים הראשונות, ייצור היין שגשג במהירות באקלים האטלנטי המתון והלח הזה הודות לעבודתם הקשה של הנזירים הכרמליתים והפרנציסקנים. בשנת 1816 דיווח אנדרה ז'וליאן בספרו על תעשיית היין העולמית כי יין מיוצר בכל תשעת האיים בסך של יותר מ-30,000 צינורות (13.4 מיליון ליטר) בשנה, ומיוצא לברזיל, ארצות הברית, רוסיה ואנגליה.
עידן הזהב היה באמצע המאה ה-19 כאשר כל האי פיקו היה זרוע כרמים והיה בסיס הכלכלה באי.
הפוריות של האדמה השחורה כאן טופחה לגידול ענבים וגידול הגפנים הוכח ככל כך מיוחד עד שהכרמים של פיקו הוגדרו על ידי אונסק"ו כאתר מורשת עולמית ב-2004.
עוצמתה של האדמה השחורה המופלאה מולידה הכרה שעם מספיק זמן, שריפות מניבות שפע. צמיחה ירוקה חיה יוצאת מסדקים וחריצים, וכרמים שופעים משתרעים על פני האי.
